Вторая мировая война шиноби, по словам Нагато, была развязана Конохой [chapter 445], в которую втянуты несколько деревень, помимо самого Листа, в том числе Скрытый Песок и Скрытый Камень. Вместе с этим военные действия охватили достаточно большой масштаб, и мелкие деревни, волей судьбы находящиеся между враждующими селениями, тоже были втянуты в войну.

Одним из таких селений было Амегакуре, власть в которой принадлежало Ханзо по прозвищу Саламандра. В деревне Скрытого Дождя свои семьи потеряли сироты, чье имя в дальнейшем будет известно в организации Акатсуки и за ее пределами, Яхико, Нагато и Конан.

Вторая мировая война шиноби была известна не только своими героями, но и бесчисленным количеством жертв. Именно тогда происходит битва лидера Амегакуре Ханзо против шиноби Скрытого Листа, однако, в живых остаются лишь ученики Третьего Хокаге - Джирайя, Орочимару и Тсунаде, которым глава Скрытого Дождя дает прозвище Саннины, Легендарные Саннины, как плату за из жизни [chapter 369].

После битвы с Ханзо, Джирайя, Орочимару и Тсунаде встречают троицу из Амегакуре, которые просят поделиться с ними едой. Шиноби Скрытого Листа, пожалев детей, чьи родители оказались жертвами войны, не отказывают в просьбе. Сироты Скрытого Дождя следуют за Саннинами, излагая просьбу обучить их ниндзюцу, однако, Орочимару предлагает убить детей, чтобы они не росли в бедности и горе, но Джирайя останавливает напарника, а вместе с этим остается присмотреть за Яхико, Нагато и Конан, желая поставить детей на ноги в такое трудное для них время. Через какое-то время на сирот нападают беженцы из Скрытого Камня, Джирайя, пришедший на помощь, узнает о том, что Нагато обладает великим додзюцу, глазами Рикуда Сеннина - Риннеганом [chapter 372]. Жабий Отшельник проводит с сиротами три года, после чего возвращается обратно.

Во время Второй мировой войны шиноби Тсунаде потеряла дорогих и любимых людей - брата Наваки и возлюбленного Като Дана. Наваки погибает на следующий день после двенадцатого дня рождения, когда получает в подарок ожерелье Первого Хокаге, которое возвращает Тсунаде Орочимару, сказав, что генин настолько изранен, что даже сестра его не узнает. После этого на одном из советов Тсунаде предлагает обучать ниндзя-медиков, что гораздо увеличило бы шансы на выживание и выполнение поставленной задачи, если ирьенин войдет в группу из четырех человек. Третий Хокаге отклонил это предложение, однако, Като Дан поддержал Тсунаде [chapter 160].

После того этого умирает и Като Дан, получив сильное ранение во время боевых действий. Тсунаде, уже получившая прозвище одной из Легендарных Саннинов, не может спасти своего возлюбленного. Принцесса Слизней прославилась во время Второй мировой войны шиноби своими медицинскими техниками, вместе с эти она могла найти противоядие к любому яду, который создавали такие профессионалы, как шиноби Скрытого Песка, в том числе и Чие [chapter 253].

Сасори потерял своих родителей, которых убил Белый Клык Скрытого Листа - Хатаке Сакумо [chapter 253] . В это время Чие увлекла Сасори куклами, чтобы отвлечь как-то отвлечь внука, тогда мальчик медленно начинает учиться мастерству марионеточников и создает первые любимые куклы, папу и маму [chapter 267].